明示的リンクが自動リンクよりも強いリンクになるように、特定の（うっかり書いてしまうことが無いような記法から呼ばれる）要素を検索結果その他で特別扱い。

検索結果では…別枠に（検索結果と重複させて）表示するとか。
下位展開付き閲覧ビューでは輝かせるとか。
その目次では強調表示するとか。<<check!と出すとか。

これで「自然にまとまるシステムだけど、手間をかければそれも報われる」ようなシステムに。