文章中に付箋を貼るのは敷居が高いので、数文字の印だけを貼って、付箋の内容は文末に。（細切れドキュメントにより、見出しごとに文末がある）

それか、クリックやタプで「ポップアップする付箋紙」というプラグインを。
紙のノートに付箋紙を貼ったような体裁に。冒頭の数文字はポップアップさせなくても読めるように。