例えばWikipediaに収録されている語に適度に自動リンクするには…?

利用者の興味ある語だけにリンクしたい。興味ある語は設定すればいい?

あらかじめ語を集めて置かなければならない。Wikipediaのサブセットを自動リンク対象とする。
インポートして作るサブセットWiki

自分の知らないリンクに価値がある Edit

自動リンクは自分の知らないことに気付かせてくれるもの。「適度なリンク」は無意味。

問題は見た目 Edit

見た目(スタイル)をどうにかすればいいのでは。
自動リンクスタイルを変えないとか。