マージツールを提供するなら、見出しごとの比較にする。比較対象に優劣をつけて、変更部分を含む見出しを優勢側を残すように上書き。見出しのような区切りごとに処理しなければ文章が崩れてしまうので。

見出しはページ。ようするにページ単位の比較にするということ。そして単一ページのマージでも他のページを含むことがあるということ。で、対応する下位ページ（見出しになっているページ）を見つける必要があるということ。